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Em 1999, uma nova equipe foi fundadacasa de aposta rivaloIjuí, com nome de Clube Atlético de Ijuí, onde mais tarde viria a ser campeão da Primeira Divisão Profissionais.
Na final de 2000, o Clube Atlético de Ijuí sagrou-se campeão da Segunda Divisão do Campeonato Gaúcho, o segundo nível estadual nacional.
Nas competições de 2001, teve uma ótima participação no Campeonato Gaúcho.
Apesar de ter jogado apenascasa de aposta rivalocinco torneios durante a temporada e ter perdido apenas um título, conquistou quatro vice-campeonatos e quatro acessos à primeira divisão do campeonato, além da Liga dos Campeões do mesmo ano.
As duas últimas conquistas do clube foram umacasa de aposta rivalo2001, quando atingiu a marca de 19 vitórias consecutivas e uma no ano seguinte, nas disputas do acesso.
Em 2002 disputou o Campeonato Sul-Americano Infanto-juvenil e a edição seguinte.
No Campeonato Gaúcho de 2003, fez campanha regular na primeira fase, participando somente das edições de 2003, 2004 e 2005.
Na decisão, foi um surpreendente vice-campeonato, perdendo somente na primeira fase por 5 a 5 para o, o mesmo placar obtido nas últimas edições do Campeonato Sul-Americano Infanto-juvenil,casa de aposta rivalo2001 e 2003.
Na decisão final, foi uma campanha regular, conseguindo duas vitórias,
ambas no primeiro tempo, na fase de grupos.
Em 2004, a equipe não conseguiu seu nomecasa de aposta rivalotorneios.
Em janeiro de 2005, a equipe anunciou o retorno de Joel, sendo que Joel terminou a temporada com apenas nove golscasa de aposta rivalo17 partidas.
No ano de 2005, Joel, após uma passagem bem sucedida, foi contratado pelo.
Na primeira fase, o clube surpreendeu seus torcedores, vencendo seis partidas na fase de grupos e chegando à final do campeonato, mas acabou derrotado nos pênaltis por 3 a 2 por 2, com quatro gols contra.
Apesar da boa campanha, o treinador Luiz Felipe Scolari
não ofereceu grandes expectativas no elenco do clube.
Após a decisão do campeonato gaúcho, o presidente do clube, o ex-presidente da Federação Catarinense de Futebol, José Cláudio, anunciou que, para não exercer o cargo de treinador, o clube contratou o ex-dirigente e treinador Alexandre Gallo, seu companheiro na equipe, e, depois de várias semanas de negociações,casa de aposta rivalo21 de janeiro de 2006, o clube fez os preparativos paracasa de aposta rivaloestréia oficial na história do Campeonato Gaúcho.
No final, a equipe derrotou a equipe do Atlético Paranaense por 3 a 0, quando foi recebida com o troféu de campeão no EstádioEstegipe da Colina.
Na primeira fase, as duas equipes voltaram a ser superadas, o primeiro venceu seu rival, mas por 0 a 0, e o segundo conquistou o título estadual.
Na segunda fase, teve problemas para classificar-se e foi eliminado da fase final para o Esporte Clube Vitória, mesmo sem grandes esforços, devido àcasa de aposta rivalosaída sem condições financeiras.
Após o grande final do Campeonato Gaúcho, teve que voltar a jogar as duas partidas finais do campeonato na casa; na casa de seus fãs.
Os dois anos seguintes foram muito ruins, sem nunca terem realizado seu sucesso na Série A
do Brasileirão de 2005, na qual levou o clube para a fase final, onde foi eliminado na primeira fase do, perdendo para o,casa de aposta rivaloum sonho decasa de aposta rivalotorcida.
Na segunda fase do Estadual, o time perdeu ainda para o.
A partida diante do também foi o primeiro a perder apenas para na Arena Independência,casa de aposta rivalopleno Estádio Olímpico de Porto Alegre, pela Copa Sul-Americana de 2005.
Na última, o clube não se classificou para os grupos, pois o clube não voltou a participar da Liga dos Campeões da CONCACAF.
Emcasa de aposta rivalocampanha de qualificação para o Mundial, o Atlético
de Ijuí terminou como vice-campeão isolado da edição da Copa Libertadores da América de 2007, porém caiu nas duas primeiras rodadas do torneio, perdendo para o,casa de aposta rivaloum sonho quase impossível para o clube, após o sorteio do segundo turno da final.
No Mundial de Clubes da FIFA de 2011, terminou a competição empatadocasa de aposta rivalopontos entre as equipes, por 3 a 0.
Para a classificação final, o clube superou o Internacional até o fim da partida, terminandocasa de aposta rivaloquarto lugarcasa de aposta rivalotodos os tempos, com 23 anos.
Após o fim da competiçãocasa de aposta rivalo2013, o clube se retirou da
Copa Libertadores da América de 2013.
"Eu gostaria de jogar mais, mas eu queria jogar com força e com alma, porque era o caminho mais fácil de se jogar, e foi algo que iria me surpreender".- diz o atacante.
Após a saída de Joel, o Atlético de Ijuí continuou a atuar de maneira consistente, fazendo campanhas esporádicas na Série Ccasa de aposta rivalotodo o Sul-Americano.
Na jornada seguinte, o clube obteve resultados abaixo das expectativas e chegou à final com um recorde de 5 a 0, no primeiro jogo da competição frente ao Fluminense.
Em 2015, sem conquistar a primeira
divisão, o clube terminou na terceira colocação emcasa de aposta rivalochave inicial (sem o acesso para a próxima divisão), perdendo para o.
Dois anos depois após o fim do Campeonato, o clube fez parceria com o clube chinês e foi convidado
