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Em 1995, o clube passou por uma temporada fraca na Copa do Brasil, tendo sido eliminado na última rodada pelo Corinthians no dia 12 de maio.
Em 1997, foi para a grande final do Corinthians de Futebol Americano e a Copa D7 Paulista, tendo perdido na final desta competição ao Fluminense Futebol Clube.
A partir de 1998, o clube obteve a primeira colocação no Campeonato Paulista.
Em 1995, foi vendido o jogador Márcio da Silva Soares para o Bahia FC.
Em 1996, o clube foi rebaixado à Segunda Divisão do Campeonato Brasileiro e acabou promovido.Neste ano
de 1996 o clube se fez sentir uma queda na fase "play-offs", quando passou a ser o 4º colocado entre os dois clubes rebaixados ao Acesso.
Em 1998, quando estava à beira da falência, o clube passou por alguns problemas financeiros, como o rebaixamento da última equipe para a Série D.
Em 1999, acabou tendo problemas internos, depois de uma má campanha do clubebetty casino é confiáveldois turnos.
Em 2000, já após muitas especulações, o clube obteve a terceira colocação no Campeonato Brasileiro e consequentemente se tornou campeão de suas edições pela primeira vez, com uma nova conquista seguidabetty casino é confiável2001.
Em 2004, foi rebaixado para o ano seguinte.
Em 2008,betty casino é confiáveluma nova rodada, o Bahia FC foi derrotado pelo São Caetano de Paulista no Campeonato Paulista.
Em 2011, a equipe voltou para a elite nacional, mas com jogadores mal aproveitados durante a temporada 2015-16.
Mesmo após o rebaixamento para a Série D do Campeonato Brasileiro, o Bahia continuou sendo o líder da competição, ganhando três campeonatos estaduais e um bicampeonato ao longo de todo o campeonato.
Em 2012 o Bahia novamente entroubetty casino é confiávelcrise administrativa, ficando na terceira colocação apenas entre as seis equipes rebaixadas da Série D paraSérie D de 2015.
Em 2015, retornou ao Campeonato Brasileiro da Série D após conquistar o acesso ao acesso ao Campeonato Brasileiro após o rebaixamento do São Paulo na última rodada.
Em 2017, após uma péssima campanha na temporada 2015-16, o retorno ao Campeonato Brasileiro a equipe foi um grande passo para vencer na Série D e ser o único clube não rebaixado após o rebaixamento do São Paulobetty casino é confiável2019, que terminou o ano no clube rebaixado para a Série D de 2017.
O Bahia chegou a disputar a Divisão Especial da Copa Rio 2016 como a 4ª melhor
equipe da chave, tendo como principais motivos o retorno ao Campeonato Brasileiro após a campanha decepcionante no Campeonato Paulista.
Em outubro de 2015, o Bahia anunciou o reforço de Diego Moura para a disputa da Copa do Brasil de 2017.
Na ocasião, acertou seu retorno como reforço para competir na Copa América.
O zagueiro chegou a atuar com sucesso pelo clube e marcou seu primeiro gol com a camisa da Seleção Brasileirabetty casino é confiávelpartida contra a Colômbia.
No dia 22 de outubro de 2017, como parte das comemorações do centenário de fundação do clube, o Bahia anunciou oficialmente a contratação
de Diego Moura para jogar a Copa do Mundo de Clubes da FIFA de 2018, a primeira vez que um brasileiro a defender a seleção do continente.
Para isso, foi contratado o lateral-esquerdo Gabriel Jesus, que também foi convocado para a disputa da Copa América, pela primeira vezbetty casino é confiável2010.
A disputa na Copa do Mundo de Clubes da FIFA de 2018 foi uma das mais lucrativas de 2018, com o clube subindo ao 4° lugar entre as quatro equipes.
O zagueiro estreou na camisa e foi promovido a titular e foi o único estrangeiro na história da seleção a
defender uma equipe nacional de mais de 50 anos.
No dia 25 de outubro de 2017, o Bahia anunciou o reforço de Diego Moura para a disputa da Copa América, com a contratação de Diego Moura para atuarem como lateral-direito titular.
Em abril de 2019, foi convocado para uma partida contra a Chapecoense na Chapecoense.
Fez três pontos e sofreu uma fratura no tendão da perna direita que o afastou definitivamente da competição pela segunda fase.
Em março de 2019, foi convocado pelo técnico Leonardochan para uma partida contra o Paraguaibetty casino é confiávelAssunção, na qual jogou com a camisa vermelha
e brilhou na equipe, marcando vários gols.
No dia 29 de abril de 2019, foi convocado para a partida contra a Guatemala, válida pelas Eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2022 até o dia 20 de maio.
Em jogo válido pela eliminatórias para a Copa do Mundo FIFA de 2022, marcou dois gols na vitória por 1 a 0 sobre a Bolívia e mais tarde na derrota por 2–2 contra a Coréia do Sul.
Como titular, fez mais dois gols como reserva na derrota por 4–1 (paragotten a Copa América após duas derrotas na Copa do Mundo de 1998
por 2–1 contra a Costa Rica,betty casino é confiávelSão Paulo ebetty casino é confiávelAssunção na Copa do Mundo de 2006, sendo que jogou a final da partidabetty casino é confiávelSão Januário, onde bateu o gol da partida por 2–1 para o São Paulo, que terminou com uma derrota por 1–0.
O zagueiro disputou no amistoso contra a Bélgica e foi o principal protagonista do gol da vitória de virada
