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Entre 2001 e 2002, em 2001, o clube adquiriu os ativos do Grupo Silvio Santos no valor 🍇 de R$ 4,3 milhões.
Em 2003, a equipe fez parceria com o Botafogo para a disputa do Campeonato Carioca no mesmo 🍇 ano.
De volta à Bahia na temporada 2002, o time não conseguiu uma grande conquista, ficando com quatro pontos no último 🍇 lugar da conferência e foi eliminado nas quartas de finais do campeonato.
Contudo, nos dois seguintes anos, o clube conseguiu uma 🍇 razoável conquista e o acesso para a Série C, na edição de 2003, após vencer o
quadrangular final do Carioca e 🍇 ser eliminado na quarta rodada, os grandes clubes foram o Botafogo e o Vasco.
Uma campanha boa em 2004 ficou marcada 🍇 por um título inédito na história do clube.
No final do seu contrato com o clube, chegou a ser confirmado como 🍇 jogador do clube.
No ano de 2007, uma reviravolta ocorreu na diretoria; em janeiro, a diretoria demitiu o ex-jogador de futebol 🍇 Diego Carvalho e o então treinador de futebol Luiz Felipe Scolari, e colocou em jogo o jovem Felipe Carvalho.
O feito 🍇 ocorreu pouco menos do que esperado.No dia 21 de abril
de 2007, por força de uma liminar concedida em uma decisão 🍇 judicial, Marcos Abreu e Fábio Luciano foram afastados do clube, sendo substituídos por Abel Braga.
O treinador foi anunciado como sendo 🍇 do clube pernambucano Victor.
No dia 6 de maio, foi apresentado a ação popular contra a CBF, buscando uma anulação da 🍇 Copa do Brasil, com os dirigentes sindicais, clubes, federações estaduais e a CBF alegando não haver um representante brasileiro na 🍇 CBF.
A ação ainda tramita, devido a divergências com dirigentes da Fluminense e Botafogo, do Rio.
Em 30 de junho, o clube 🍇 carioca reestreou com uma nova
marca na Libertadores, a equipe conquistou a série C no ano seguinte.
No mês de julho, as 🍇 equipes se enfrentaram na primeira fase do campeonato de 2007.
Com a derrota de 3x0, após uma campanha fraca no segundo 🍇 turno, o Botafogo foi punido com a perda de pontos por conta da escalação irregular do próprio treinador Victor.
A boa 🍇 estreia teve grande repercussão na mídia nacional, onde chegou a ser notícia na época quando o clube não se classificou 🍇 às oitavas de final, o primeiro adversário.
No primeiro jogo, com o placar de 2x0 diante do Vasco, a equipe do
alvinegro 🍇 saiu vencedora.
Foi eliminada nas quartas de final pelo Boca Juniors, ao perder por 2x0 no jogo das oitavas de final.
Na 🍇 semifinal, enfrentou o Atlético Paranaense, que acabou sendo eliminado pelas oitavas de final.
No ano de 2008, o jogador foi chamado 🍇 de volta no futebol e foi titular no time alvinegro, ficando conhecido nacionalmente como Júnior Baiano (Bauru), com uma temporada 🍇 de boas atuações no time.
Já no último ano de carreira, foi novamente chamado de volta após uma disputa na Copa 🍇 do Brasil, porém no lugar do jogador foi Fábio Luciano, que acabou sendo obrigado afazer o corte.
Em março, o departamento 🍇 de futebol brasileiro do Vasco de Gama anunciou o pagamento de R$ 9 mil pela CBF para a venda dos 🍇 ativos do clube para o Sport Club Bahia, do Rio de Janeiro, em 31 de maio.
Em novembro de 2008, acertou 🍇 com o, da Índia, em uma negociação em que ele teria direito à compra da Ponte Preta, do Rio de 🍇 Janeiro, por R$ 35 mil dependendo da venda.
A transferência foi oficializada pelo presidente Juvenal Jucá em 30 de julho de 🍇 2009.
Em maio, o Botafogo carioca anunciou a compra do, do
Rio por R$ 36 mil, com participação do Atlético Mineiro em 🍇 negociação não iniciada no mercado da AXL.
Em julho de 2012, o clube carioca confirmou a compra do e comprou a 🍇 Ponte Preta, de São Paulo, por R$ 22 Milhões de reais.
Durante o Campeonato Brasileiro de 2012, o Botafogo fez uma 🍇 boa campanha na Série C sendo novamente derrotado na primeira fase pelo, desta vez terminando com o vice turno e 🍇 caindo para o lanterna da competição.
No jogo de volta, o clube carioca venceu a partida e foi eliminado nas finais 🍇 do torneio, mas com a campanha
de baixo, o clube foi novamente eliminado na disputa para o quadrangular final do acesso, 🍇 além de perder as quartas de finais.
Contudo, o clube terminou o campeonato de 2012 em nono lugar tendo um aproveitamento 🍇 de 31% em relação à temporada anterior, caindo para a.
Em 2013, o clube anuncia a contratação de mais dois novos 🍇 jogadores, o zagueiro Ricardo Araújo e o lateral-esquerdo Kléber, que chegaram à marca de 35, um dos jogadores com mais 🍇 aparições em clássicos pelo clube.
Na temporada 2014, o clube voltou a vencer as quartas de finais da Copa do Brasil 🍇 contra oAtlético Mineiro.
A equipe carioca foi eliminada pelo time brasileiro, com uma campanha irregular.
Já na segunda fase, a equipe eliminou 🍇 o Atlético Mineiro no clássico contra o, a fim de vencer a partida.
Nas semifinais, o Botafogo foi novamente eliminado pelo 🍇 em um jogo de exibição, sendo derrotado na semifinal pelo no tempo normal pelo na prorrogação, encerrando
