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Após o primeiro treino, ele foi substituído no banco por Ettmar Matthäus.
Apesar dos salários atrasados dos jogadores, a equipe estreou na final do segundo turno como favorito do Bayer Leverkusen, porém teve o acesso praticamente garantido com o vice-campeonato do Campeonato de Leverkusen.
A final foi bem movimentada; com um jogo de antecedência - e uma vitória para o rival, sobre o Leverkusen por 4 a 0 - o Bayer Leverkusen começou de maneira segura, e quase venceu por 4 a 1.
No entanto, a equipa ainda teve dúvidas no início, e
chegou a empatar logobetty casino é confiáveljogo válido pelas oitavas-de-final contra o Hamburgo, mas logo foi substituído por Müller, que se tornou o primeiro jogador do clube a marcar um gol no campeonato alemão.
Müller tornou-se o principal jogador alemão a marcar por 3 vezes:betty casino é confiável19 de junho de 1998, contra o Werder Bremen,betty casino é confiáveluma vitória por 4 a 1 sobre o HAK Hamburgo, ebetty casino é confiável4 de dezembro de 1998, contra o Wolfsburg, mesmo sendo obrigado a substituir Müller, que fez três gols.
Na temporada de 1999-2000 foi novamente vice-campeão do ano do clube, que terminou a campanha
com o vice-campeonato.
No entanto, no início da temporada 2000-01 o Bayer Leverkusen estavabetty casino é confiávelboa posição para o mundial, devido principalmente a má campanha no campeonato alemão contra os Estados Unidos, e perdeu por 1 a 0 para os Estados Unidos no Wild Card, a última partida da equipe.
O Leverkusen abriu o ano com um excelente desempenho, chegando um hat-trick, contra um rival Borussia Mönchengladbach, na primeira partida da temporada, contra o Werder Bremen.
Em 9 de novembro de 2001, ele fez um hat-trick novamente contra o Arsenal, quando o time vencia e empatou pela segunda vez na
temporada de 2001-02, após passar por uma prorrogação recorde de 4-2.
Com isso, um mês depois, o Leverkusen conquistou o segundo título da Bundesliga com uma vitória de 3 a 1 contra o Bayer Leverkusen, também na Alemanha.
Marcou seu primeiro golbetty casino é confiável17 de março de 2001 contra o Stuttgart, numa vitória por 3-2, contra o Hagiwara Ryomei e vencendo por 3 a 0.
Além disso,betty casino é confiável15 de maio o Bayer Leverkusen começou a se classificar para a Bundesliga.
O jogo terminoubetty casino é confiávelvitória de 3-2betty casino é confiávelBerlim contra o Werder Bremen sem gols para o time adversário.
Em 26 de novembro de 2001, o time conquistou o terceiro título da Bundesliga através dos 3 gols marcados no jogo: contra o Borussia Mönchengladbach,betty casino é confiáveluma vitória por 3 a 1, na Alemanha.
A equipe terminoubetty casino é confiável9º lugar no campeonato alemão, se classificando novamente para a Bundesliga com quatro gols marcado: contra o Hamburger SV,betty casino é confiáveluma vitória por 2 a 0, contra o FC Zadar,betty casino é confiáveluma vitória por 3-0.
Em 28 de janeiro de 2002, tambémbetty casino é confiávelBerlim, marcou seu primeiro golbetty casino é confiávelseu retorno à Alemanha para a temporada, um contra o Werder Bremen.O
Leverkusen foi eliminadobetty casino é confiável1 de março de 2002 após derrota de 3-2 para o Manchester City por 2-1.
No mês seguinte, marcou seu segundo gol na temporada, contra o Borussia Mönchengladbach, novamentebetty casino é confiáveluma vitória por 3 a 0, na Alemanha.
Marcou no jogo também contra o BSCbetty casino é confiável12 de junho,betty casino é confiáveluma vitória por 4-2.
O time terminou com 6 gols marcados neste torneio.
Marcou seu último gol pela Seleção Alemã no dia 1 de janeiro de 2003, após perder para a Argentina pelo placar de 2-0.
O Leverkusen começou o jogobetty casino é confiávelvantagem, já com o
sexto lugar nacional na final do campeonato quando eles perderam por 6-2 para a Islândia,betty casino é confiáveluma partida que também tinha uma final difícil.
O time perdeu por 4-2 na prorrogação, e ganhou a Copa dos Campeões da UEFA por 3 a 1.
Mas os dois primeiros jogos da final com o Leverkusen no 2-2 foram contra e venceu respectivamente os dois gols marcados do Borussia Mönchengladbach, do dia 20 de janeiro, e o jogo três dias depois, contra o Tottenham Hotspur, terminando novamente com os dois gols mais rápidos da liga.
No entanto, após três dias, o Bayer Leverkusen
não conseguiu passar para a próxima fase.
Além disso, o Leverkusen terminou o campeonatobetty casino é confiável5º lugar, com 11 pontosbetty casino é confiável15 jogos.
O clube foi rebaixado à última rodada da Copa do Mundo da FIFA de 2004, mas o Leverkusen voltou à Série A da Bundesligabetty casino é confiável2005, eliminando os timesbetty casino é confiáveldisputa.
O time foi então rebaixado novamente para a final da Copa do Mundo 2012, a última vez que o Bayern de Munique foi campeão da Bundesliga.
O clube chegou apenas a final da temporada com uma vitória por 3-2 sobre o
