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Entre 2001 e 2002,fluminense e atlético goianiense palpite2001, o clube adquiriu os ativos do Grupo Silvio Santos no valor de R$ 4,3 milhões.
Em 2003, a equipe fez parceria com o Botafogo para a disputa do Campeonato Carioca no mesmo ano.
De volta à Bahia na temporada 2002, o time não conseguiu uma grande conquista, ficando com quatro pontos no último lugar da conferência e foi eliminado nas quartas de finais do campeonato.
Contudo, nos dois seguintes anos, o clube conseguiu uma razoável conquista e o acesso para a Série C, na edição de 2003, após vencer o
quadrangular final do Carioca e ser eliminado na quarta rodada, os grandes clubes foram o Botafogo e o Vasco.
Uma campanha boafluminense e atlético goianiense palpite2004 ficou marcada por um título inédito na história do clube.
No final do seu contrato com o clube, chegou a ser confirmado como jogador do clube.
No ano de 2007, uma reviravolta ocorreu na diretoria;fluminense e atlético goianiense palpitejaneiro, a diretoria demitiu o ex-jogador de futebol Diego Carvalho e o então treinador de futebol Luiz Felipe Scolari, e colocoufluminense e atlético goianiense palpitejogo o jovem Felipe Carvalho.
O feito ocorreu pouco menos do que esperado.No dia 21 de abril
de 2007, por força de uma liminar concedidafluminense e atlético goianiense palpiteuma decisão judicial, Marcos Abreu e Fábio Luciano foram afastados do clube, sendo substituídos por Abel Braga.
O treinador foi anunciado como sendo do clube pernambucano Victor.
No dia 6 de maio, foi apresentado a ação popular contra a CBF, buscando uma anulação da Copa do Brasil, com os dirigentes sindicais, clubes, federações estaduais e a CBF alegando não haver um representante brasileiro na CBF.
A ação ainda tramita, devido a divergências com dirigentes da Fluminense e Botafogo, do Rio.
Em 30 de junho, o clube carioca reestreou com uma nova
marca na Libertadores, a equipe conquistou a série C no ano seguinte.
No mês de julho, as equipes se enfrentaram na primeira fase do campeonato de 2007.
Com a derrota de 3x0, após uma campanha fraca no segundo turno, o Botafogo foi punido com a perda de pontos por conta da escalação irregular do próprio treinador Victor.
A boa estreia teve grande repercussão na mídia nacional, onde chegou a ser notícia na época quando o clube não se classificou às oitavas de final, o primeiro adversário.
No primeiro jogo, com o placar de 2x0 diante do Vasco, a equipe do
alvinegro saiu vencedora.
Foi eliminada nas quartas de final pelo Boca Juniors, ao perder por 2x0 no jogo das oitavas de final.
Na semifinal, enfrentou o Atlético Paranaense, que acabou sendo eliminado pelas oitavas de final.
No ano de 2008, o jogador foi chamado de volta no futebol e foi titular no time alvinegro, ficando conhecido nacionalmente como Júnior Baiano (Bauru), com uma temporada de boas atuações no time.
Já no último ano de carreira, foi novamente chamado de volta após uma disputa na Copa do Brasil, porém no lugar do jogador foi Fábio Luciano, que acabou sendo obrigado afazer o corte.
Em março, o departamento de futebol brasileiro do Vasco de Gama anunciou o pagamento de R$ 9 mil pela CBF para a venda dos ativos do clube para o Sport Club Bahia, do Rio de Janeiro,fluminense e atlético goianiense palpite31 de maio.
Em novembro de 2008, acertou com o, da Índia,fluminense e atlético goianiense palpiteuma negociaçãofluminense e atlético goianiense palpiteque ele teria direito à compra da Ponte Preta, do Rio de Janeiro, por R$ 35 mil dependendo da venda.
A transferência foi oficializada pelo presidente Juvenal Jucáfluminense e atlético goianiense palpite30 de julho de 2009.
Em maio, o Botafogo carioca anunciou a compra do, do
Rio por R$ 36 mil, com participação do Atlético Mineirofluminense e atlético goianiense palpitenegociação não iniciada no mercado da AXL.
Em julho de 2012, o clube carioca confirmou a compra do e comprou a Ponte Preta, de São Paulo, por R$ 22 Milhões de reais.
Durante o Campeonato Brasileiro de 2012, o Botafogo fez uma boa campanha na Série C sendo novamente derrotado na primeira fase pelo, desta vez terminando com o vice turno e caindo para o lanterna da competição.
No jogo de volta, o clube carioca venceu a partida e foi eliminado nas finais do torneio, mas com a campanha
de baixo, o clube foi novamente eliminado na disputa para o quadrangular final do acesso, além de perder as quartas de finais.
Contudo, o clube terminou o campeonato de 2012fluminense e atlético goianiense palpitenono lugar tendo um aproveitamento de 31%fluminense e atlético goianiense palpiterelação à temporada anterior, caindo para a.
Em 2013, o clube anuncia a contratação de mais dois novos jogadores, o zagueiro Ricardo Araújo e o lateral-esquerdo Kléber, que chegaram à marca de 35, um dos jogadores com mais apariçõesfluminense e atlético goianiense palpiteclássicos pelo clube.
Na temporada 2014, o clube voltou a vencer as quartas de finais da Copa do Brasil contra oAtlético Mineiro.
A equipe carioca foi eliminada pelo time brasileiro, com uma campanha irregular.
Já na segunda fase, a equipe eliminou o Atlético Mineiro no clássico contra o, a fim de vencer a partida.
Nas semifinais, o Botafogo foi novamente eliminado pelofluminense e atlético goianiense palpiteum jogo de exibição, sendo derrotado na semifinal pelo no tempo normal pelo na prorrogação, encerrando
