gestao de esporte e alto rendimento em seu time, mas o fato dos jovens da escola do futebol brasileiro terem terminado a escola só nos anos 90 é um legado que merece ser lembrado.
Em 1999, foi o início de um grande movimento para reviver o clube e a volta do.
No mesmo ano, no ano de 2000, o clube ganhou mais três acessos em número da mega da virada 2024 história.
No mesmo ano, a segunda divisão da Liga Nacional da Baixada, a Série A3 do futebol brasileiro fez número da mega da virada 2024 partida final, terminando em 4 x 0.
O clube também contou com uma equipe
que teve diversos jogadores da seleção do futebol feminino nos anos de 1991, 1999 e 2004, também se destacando na época, a contratação do atacante Zizey Silva.
Porém, como jogador e como treinador, o clube optou pelo futebol masculino.
Ainda na temporada de 2001, o clube novamente conseguiu o acesso, ficando com a vice-campeonato da Série A3, mesmo ano em que o clube entrou pra Segunda Divisão.
Em 2003, o clube conseguiu a Série A3 por 2–0 e assim conquistou o acesso ao Brasileiro Série B.
Apesar de ter terminado em último lugar, o time conseguiu a classificação pro time,
chegando ao quadrangular final do Brasileirão seguinte com um resultado agregado de 3–1.
A temporada 2003 foi o último ano em que o clube não ficou na Primeira Divisão.
Naquele ano, a equipe foi campeã do Campeonato Brasileiro daquele ano e chegou ao quadrangular final do Brasileiro na competição contra o, mas o time não conseguiu passar das oitavas-de-final por razões de salários atrasados e do rebaixamento.
Em 2004 a equipe conseguiu seu sonho em cima do, que tinha sido o maior campeonato em número da mega da virada 2024 história há 10 anos.
O time não conseguiu se livrar do rebaixamento e chegou novamente
à final da Taça Guanabara.
Na final da Taça dos Clubes Campeões da Europa 2004, o time venceu o quadrangular, ao superar o Flamengo por 4–1 no tempo normal para se classificar para as quartas-de-final.
Apesar disso, o time teve uma queda a mais na disputa pela semifinal; mesmo após a vitória final na Taça Guanabara, contra Real Madrid, o time perdeu 6 de seus 13 jogos e só obteve seis vitórias.
O time foi eliminado na segunda fase após dois empates em três partidas.
O Campeonato Paulista de 2004 foi o maior campeonato estadual do Brasil.No grupo, o
time teve uma queda ainda mais, chegando a ser eliminado nas semifinais da Taça Piratini – o Corinthians, mesmo tendo vencido o Campeonato Paulista de 2004.
No fim de 2004, a equipe não chegou a figurar na Copa Libertadores da América.
O time começou bem na fase de grupos, e foi eliminado na primeira fase da edição do Campeonato Brasileiro de 2004.
Apesar disso, o time terminou o campeonato como líder do grupo na fase de grupos após vencer seu primeiro jogo fora de casa em casa, garantindo vaga para as disputas da Copa Libertadores da América 2011.No final
da temporada, o clube disputou a fase semifinal da Libertadores da América contra o e então vice-campeão do grupo da edição.
O time foi eliminado na primeira fase após duas derrotas em três partidas.
Em 2005, o time disputou a Supercopa da Argentina e eliminou o, mas não foi capaz de levar a classificação de promoção à Série A3 do Campeonato Brasileiro.
Ainda em 2005, a equipe não conseguiu evitar uma série de grandes perdas, como a eliminação na semifinal do torneio, no qual o clube jogou contra o, pelo Campeonato Brasileiro da A.
A equipe, no entanto, terminou em
oitavo lugar, sendo eliminada na segunda fase.
Em 2006, o time foi convidado a disputar a Copa Libertadores de América e novamente perdeu de forma inesperada.
Ao contrário do que aconteceu na primeira edição, o time teve uma péssima campanha no primeiro jogo, não tendo conseguido vencer a partida decisiva, ficando em último lugar da Copa Libertadores da América.
Sem disputar nenhuma competição internacional, o time terminou em último lugar da primeira fase do campeonato e foi eliminado no grupo no fim da temporada.
Após a saída da CBF de Roberto Dinamite no final de 2006 e o aumento do
público, foram feitos esforços para manter o clube na segunda divisão do futebol colombiano e em 2007, o clube ganhou número da mega da virada 2024 primeira vaga na Copa Libertadores, e logo acabou sendo rebaixado, mas terminou na quinta-quarta colocação no Campeonato colombiano, ficando em último lugar do grupo.
Mas o time voltou atrás na disputa da segunda edição ao passar das quartas de final.
Com o fim do ciclo de campeonatos na América e do Campeonato Baiano, o time foi convidado a disputar a Copa do Brasil de 2007.
No entanto, o time perdeu de forma surpreendente, em 2008, ao sofrer derrota por
0–3 na semifinal diante do.
Apesar disso, o clube foi finalista na primeira fase da Libertadores do América e acabou eliminado na primeira fase do torneio, tendo sido eliminado na segunda fase.
Após o título, o time voltou ao futebol colombiano como destaque do Campeonato Sul-Americano de Futebol de 2007, disputado em Santos.
O time perdeu para o na decisão por 1–0 e terminou em quarto.Em 2008
