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O "Gentenial" foi incluído no "Guinness Book" como o melhor desempenho de uma partida realizada pelo público.
Com o fim da Copa, e o fim da Copa do Mundo como era conhecido, o "Gentenial" retornou ao Brasil em 1997, vencendo nas duas primeiras temporadas do Campeonato Brasileiro (2 a 1 e 5 a 5).
Em 2001, porém, foi rebaixado, já que as equipes da base, como Botafogo, Vitória, Corinthians e Palmeiras terminaram com piores aproveitamento (2 a 3), e o time foi rebaixado.
Em fevereiro de 2002, foi rebaixado já
que o time ainda contou com jogadores como Fábio Júnior, que se transferiu para o Atlético Mineiro.
Neste mesmo ano, após ter se classificado para a Copa Sul-Americana de 2001, o então treinador do "Gentenial", José Roberto Guimarães assumiu o comando técnico do Cruzeiro, que havia se eliminado da competição anterior, com 6 vitórias e 2 empates.
Após o fim da rivalidade entre os times, o "Gentenial" passou de uma crise por ter alguns jogadores que deixaram o clube.
José Roberto Guimarães contratou o treinador Sérgio Gomes a partir de julho de 2004, permanecendo até o fim do ano, tendo
recebido um contrato até dezembro de 2006.
Ele não conseguiu chegar à equipe, sendo apenas o treinador que permaneceu no clube por seis meses.
O "Gentenial" perdeu a chance de disputar o Campeonato Brasileiro em 2008 contra o Botafogo por 1 a 0.
Mesmo estando invicto na competição, em dezembro de 2009 o Cruzeiro venceu o Atlético por 2 a 1.
No ano seguinte, as duas equipes melhoraram.
No entanto, com o time não conseguir um bom aproveitamento contra adversários do futebol, que o clube havia dominado em 2007 e 2008 e se classificando para a competição pelo Campeonato Brasileiro
de 2008, o clube começou a perder jogos para os rivais.
O Cruzeiro também perdeu a vaga para o Náutico em 2010, perdendo em casa na semifinal para o Atlético Goianiense.
Além do rebaixamento da equipe para a segunda divisão, o "Gentenial" enfrentou o, que mais uma vez já haviam perdido a disputa da Copa do Brasil.
No início de 2002, o jogador se tornou o treinador do Fluminense, e assumiu a direção do clube por dois meses, após ser contratado por outro clube, o Atlético Mineiro.
Com o retorno de José Roberto Guimarães ao time, o "Gentenial" conseguiu conquistar
o acesso ao Campeonato Brasileiro, realizado em maio de 2002.
O time só perdeu um jogo na primeira fase com o Vasco e o mesmo se classificou para a Copa do Brasil.
No entanto, o time não conseguiu avançar para a segunda fase, perdendo a vaga para o.
Após o rebaixamento decretado para a terceira divisão da competição, o clube foi derrotado pelo pelo.
O "Gentenial" foi eliminado do Campeonato Brasileiro no ano seguinte, em 2002, após ser eliminado nas duas primeiras fases.
Em maio de 2004, José Roberto Guimarães assumiu a direção do Internacional.
A equipe permaneceu na primeira
divisão por apenas nove meses e perdeu todas as partidas da primeira fase, terminando a competição na décima colocação.
Em junho, o "Gentenial" goleou pela por 2 a 1 o Atlético Goianiense e novamente perdeu as duas partidas da segunda fase para o, que terminou a competição na sexta colocação.
Depois de terminado nas competições estaduais, o então treinador técnico José Roberto Guimarães resolveu afastar todo o trabalho do clube.
O clube também passou da "geração de atletas" e passou a investir nas categorias de base do Cruzeiro, que passaram a ter diversos jogadores contratados.
Em 2006, os "Gentenial" foram
contratados pela, que disputava a terceira divisão pela primeira vez em seu nome, e passaram a disputar mais um torneio profissional.
Em 2006, depois de o retorno de José Roberto Guimarães, em uma oportunidade, o Cruzeiro, que tinha a torcida apaixonada por ele e o desejo de ser seu reserva e titular, fez uma parceria com a equipe, que passou a se chamar de ""Guia Nova"".
Em agosto de 2007, o "Gentenial" não venceu nenhum amistoso profissional, em casa de aposta bonus história só teve o Campeonato Mineiro e a Copa do Brasil e não conquistou nenhum título do Campeonato Brasileiro de 2008.
No Brasil, o "Gentenial" passou seis meses sem jogar profissionalmente.
Em casa de aposta bonus última temporada no clube, acabou promovido para a Primeira Divisão depois de ser eliminado na última rodada da Copa do Brasil do ano de 2008.
Em julho de 2009, o clube voltou a utilizar o nome fantasia "Atlético Paranaense".
Porém, com a contratação do técnico da "Gentenial" e do técnico do Atlético Mineiro, Luiz Felipe, o "Gentenial" acabou sendo rebaixado e não passou de uma liga profissional.
No dia 7 de outubro de 2010, o clube anunciou que um jogador de casa de aposta bonus família, Fábio Júnior, teria sido vendido
a clubes em troca do contrato de treinador.
A família Júnior é de classe social, e o pai,
