aposta certa futebolística da cidade, com o que o clube poderia ser promovido a equipe profissional, mas isso não aconteceu, o clube retornousite de apost1995, sob a direção de José Luiz Blandero, que levou o time de coração do futebol da cidade a um feito inédito: vencer a Liga Paulista.
Após o Campeonato Paulistasite de apost1995/96, o "São Paulo G2", novamente campeão, jogou na segunda divisãosite de apost1996/97, antes de descer para a sexta divisão do Brasileirão de 1997.
Os resultados decepcionantes de 1996 foram decisivos parasite de apostqueda para a quinta divisãosite de apost1997, o que significou que o
time não teria mais chances no Estadual de 1998.
Isso foi, porém, importante para a equipe fazer, pois no campeonato daquele ano, o São Paulo terminou com o vice-campeonato antes de ganhar a divisão na primeira rodada da temporada seguinte, derrotando no primeiro jogo o Joinville, por 2 a 0.
O atacante Lúcio, porém, foi um dos destaques no time.
Em 1999, depois de passar de um jejum de 16 anos sem títulos do time, o time foi capaz de conquistar seu terceiro título nacional, um delessite de apost1999, quando derrotou o Atlético Paranaense por 5 a 3, no estádiode Canindé.
O desempenho foi uma decepção, pois o São Paulo não teve ainda chances e terminousite de apost9º lugar entre as dez equipes mexicanas da edição de 2000.
Em uma revanche ao título da competição anterior, venceu o Coritiba por 2 a 1 no Estádio de Canindésite de apost2000, ficando atrás do Cruzeiro.
Nas duas próximas duas temporadas, o São Paulo eliminou o Atlético Clube do Brasil e o Guarani, para ficarem na terceira posição do futebol brasileiro, garantindo no Campeonato Paulista de 2001 e na Copa do Brasil de 2002 a primeira vaga brasileira para a Copa Libertadores
da América da primeira fase e a segunda emsite de aposthistória.
Em 2002, a equipe retornou ao Nacional, porém, devido à demissão de Dorival Júnior,site de apost2003 a equipe optou por permanecer com o então técnico Dorival Júnior: durante um jogo realizado nos Estados Unidos, o técnico pediu demissão, que, contudo, não foi aceito.
Após o fim da parceria, a equipe retornou a disputar a Divisão Intermediária do Campeonato Brasileiro de 2004: no entanto esse título não foi tão expressivo e a equipe perdeu a chance de avançar para a Copa do Brasil de 2005, quando venceu da Copa São
Paulo no Estádio de Pacaembu.
Emsite de aposttrajetória no Nacional, o São Paulo passou por uma forte queda na fase de classificação.
Com uma série de problemas que culminaramsite de apostum empate sem gols no torneio, o time começou a negociar com outros clubessite de apost2004, que incluíram o Corinthians, Paraná Clube, Botafogo de Ribeirão Preto, Ceará e Sergipe.
A equipe se apresentou como uma das maiores candidatos e foi o vice-campeão estadual.
Com este feito, o São Paulo ainda poderia se manter na elite nacional do futebol brasileiro.
Em 2005 o clube, então, foi campeão da Liga Cearense de
Futebol com uma campanha de 11 vitórias, 9 empates, 5 derrotas (12 vitórias, 4 empates e 1 derrota).
Em 2006, o São Paulo conquistou seu quinto título, o tricampeonato nacional consecutivo, quando, na penúltima rodada do Torneio Otávio Pinto, derrotou o Vitória na final.
Para a temporada 2007, a equipe tentou retornar à elite após uma fraca campanha no Nacional, e voltou à competição após uma campanha seca, onde a equipe chegou perdendo, para o Ceará, para o Ferroviário de Recife, e para a Ponte Preta no final do estadual.
Após o fim da parceria, o clube disputou a Série
B do Campeonato Brasileiro do mesmo ano: o tricolor ficou nas semifinais, mas o time teve uma campanha ruim.
Em 2008, o São Paulo chegou perto de chegar à final da Copa do Brasil, mas perdeu na semifinal, para o.
O clube retornou ao Campeonato Brasileiro, terminando com a quarta posição do futebol brasileiro: na Taça Guanabara da Terceira Divisão, o clube terminousite de apost9º no campeonato (melhor colocação foisite de apost1986) e chegou ao último lugar do campeonato do Campeonato Brasileiro.
O time novamente foi um anosite de apostque conquistou seu primeiro título nacional: o Campeonato Paulista de 2008,
tendo sido vice-campeão da Copa São Paulo de 2008, com a equipe terminandosite de apostprimeiro lugar na edição de 2008.
O time voltou a conquistar uma Taça Guanabara da Terceira Divisãosite de apost2009, na última rodada do torneio.
Em 2010, o São Paulo voltou à elite do futebol brasileiro, mas terminou como vice-campeão da Copa São Paulo de 2010 e foi vice-campeão da Copa do Brasil de 2011, terminando na oitava colocação do campeonato carioca.
Após vencer o Campeonato Paulista de 2011, o clube tentou retornar à elite nos campeonatos estaduais.
E mesmo com o vice-campeonato nacional consecutivo, teve uma
campanha ruim, chegando à quarta colocação do campeonato brasileiro, atrás apenas dos.
A equipe terminou a competição, na nona posição do Campeonato Brasileiro, a Copa Paraná de 2012 e na Copa do Brasil de 2013.
No início de 2012, após um bom Campeonato Paulista e um bom Campeonato Paulista, o São Paulo chegou a ficar nas primeiras posições
