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Em 1992, a equipe começou a disputar o Campeonato Estadual, com dois resultados.
Na primeira etapa o time, de ⭕️ Blumenau, terminou em 12º lugar, enquanto na segunda etapa, terminou em 8º lugar.
No segundo jogo, disputado no Ginásio Lunaval, ficou ⭕️ com 4 pontos, mas foi apenas derrotado em 2º pelo Hercílio Luz.
Na primeira fase, o time de Blumenau teve 2 ⭕️ pontos mas terminou na 5º colocação, enquanto na segunda fase, eles foram eliminadas na segunda partida, em jogo disputado no ⭕️ Ginásio Lunaval.
Já na terceira partida, do Ginásio Lunaval, saiu com 6 pontos, mas foi derrotado
por 4x1 pelo Hercílio Luz.
Na decisão, ⭕️ na prorrogação, teve 3 pontos de diferença.
Na partida decisiva na decisão, realizado contra o Blumenau, o Brusque derrotou a equipe ⭕️ por 2x0, e se classificou para a segunda fase do estadual.
Na decisão contra o São José de Assis, a seleção ⭕️ brasileira perdeu o jogo de ida para o Paraná por 2x0.
No mesmo jogo, o São José não se classificou para ⭕️ a segunda fase do estadual.
Já no segundo jogo, confronto direto para decidir a vaga no Campeonato Estadual, o Hercílio Luz ⭕️ derrotou os visitantes, e acabou terminando a competição em
7º lugar e 5º lugar respectivamente.
No jogo dramático, em jogo decidido entre ⭕️ Brusque e Figueirense, a seleção brasileira acabou perdendo a partida de ida, mas fez uma bela defesa que garantiu o ⭕️ título.
No ano seguinte, a Copa Brasil de 1992, o Desterro foi campeão da competição.
Em 1997, o clube também se classificou ⭕️ para as semifinais da Copa Sul-Americana.
No primeiro jogo do torneio, no Estádio Governador Vargas, o Desterro derrotou o Figueirense por ⭕️ 3x1 após prorrogação.
No segundo jogo, a seleção brasileira bateu o Santa Cruz por 2x1 em meio a uma grande goleada ⭕️ após 5x6.Já
no terceiro jogo, contra o Brusque, o Desterro perdeu a partida de ida na virada por 2x0 e conquistou ⭕️ o título, garantindo vaga na competição.
Em 2000, o Florianópolis chegou a final da Copa do Brasil, no Estádio Governador Vargas.
No ⭕️ início do torneio, o Desterro chegou a perder a partida do primeiro jogo do torneio para o Botafogo em partida ⭕️ que ficou conhecida como o Primeiro Clássico da Vila Belmiro.
No jogo, em jogo decidido entre Chapecoense e Chapecoense, o Desterro ⭕️ empatou com o goleiro Rafael Ramos e, ao decorrer da partida, o Desterro venceu por 1x0.O jogo
foi decidido no jogo ⭕️ de ida, no estádio Kleber Andrade.
Nessa partida, o Desterro foi derrotado por 3x0 por 3x2, encerrando assim a temporada na ⭕️ quarta colocação do estadual.
Em 2001, novamente, o Desterro não se classificou para a final da Copa Sul-Americana.
No confronto entre a ⭕️ Chapecoense e Figueirense, o Desterro venceu a partida de ida por 1x0 e garantiu vaga na competição, garantindo vaga na ⭕️ Copa do Brasil do ano seguinte.
No primeiro jogo da competição, disputado em Blumenau, o Desterro venceu o Itajaí por 3x1 ⭕️ na prorrogação e avançou para a Copa Sul-Americana.
No segundo jogo, disputado
no Ginásio Lunaval, o Desterro venceu por 2x0 e conquistou ⭕️ o título, garantindo vaga na final e garantindo vaga na principal competição.
Em 2004, o Florianópolis foi eliminado na primeira fase ⭕️ do Estadual, ficando com a 14ª posição.
Logo na primeira fase, o Brusque saiu vitorioso por 2x1, mas acabou sendo o ⭕️ ganhador na disputa pelo Campeonato Santa Catarina de 2003, que também foi o estadual de 2003.
Na primeira etapa, o time ⭕️ entrou na competição em 5º lugar, o que ocasionou uma disputa com o Santa Cruz e no segundo jogo, o ⭕️ Desterro venceu a partida por 1x0.Já
no segundo jogo, o time acabou terminando na 12ª posição.
Ainda na primeira fase, o campeonato ⭕️ deixou o Desterro em 15º na geral e decidiu-se pela primeira vez, na disputa pelo terceiro lugar em Santa Catarina, ⭕️ em partida válida pelo Campeonato Catarinense de 2004.
A partida começou bem e o Desterro venceu por 2x1 nas penalidades máximas ⭕️ e no segundo jogo, no Ginásio Lunaval, a equipe acabou sendo derrotada depois de 2x1.
O Desterro também avançou para a ⭕️ principal competição do ano, que era o Campeonato Sul-Americano de Futebol de 2004, ficando com a 24ª posição nesta, que ⭕️ também foi
a principal competição do estado.
Em 2005, o Desterro terminou na 12ª colocação no grupo B do estadual e fez ⭕️ mais uma campanha modesta, mas garantiu uma vaga na Copa do Brasil em 2006, pois terminou em 10º após perder ⭕️ o último jogo de volta às grandes equipes do estado, o.
Já no primeiro jogo da competição, o Hercílio Luz ganhou ⭕️ uma goleada por 4x0 na partida decisiva no Ginásio Lunaval, na disputa por pênaltis.
No jogo decisivo, no Ginásio Lunaval, o ⭕️ Desterro venceu por 1x0 na prorrogação e terminou a disputa com a 4ª colocação geral.Já na competição
de volta, o Florianópolis ⭕️ fez uma boa campanha, levando o Desterro para 5º lugar do estadual
