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Em 1992, a equipe começou a disputar o Campeonato Estadual, com dois resultados.
Na primeira etapa o time, de Blumenau, terminouplataforma de aposta stake12º lugar, enquanto na segunda etapa, terminouplataforma de aposta stake8º lugar.
No segundo jogo, disputado no Ginásio Lunaval, ficou com 4 pontos, mas foi apenas derrotadoplataforma de aposta stake2º pelo Hercílio Luz.
Na primeira fase, o time de Blumenau teve 2 pontos mas terminou na 5º colocação, enquanto na segunda fase, eles foram eliminadas na segunda partida,plataforma de aposta stakejogo disputado no Ginásio Lunaval.
Já na terceira partida, do Ginásio Lunaval, saiu com 6 pontos, mas foi derrotado
por 4x1 pelo Hercílio Luz.
Na decisão, na prorrogação, teve 3 pontos de diferença.
Na partida decisiva na decisão, realizado contra o Blumenau, o Brusque derrotou a equipe por 2x0, e se classificou para a segunda fase do estadual.
Na decisão contra o São José de Assis, a seleção brasileira perdeu o jogo de ida para o Paraná por 2x0.
No mesmo jogo, o São José não se classificou para a segunda fase do estadual.
Já no segundo jogo, confronto direto para decidir a vaga no Campeonato Estadual, o Hercílio Luz derrotou os visitantes, e acabou terminando a competição em
7º lugar e 5º lugar respectivamente.
No jogo dramático,plataforma de aposta stakejogo decidido entre Brusque e Figueirense, a seleção brasileira acabou perdendo a partida de ida, mas fez uma bela defesa que garantiu o título.
No ano seguinte, a Copa Brasil de 1992, o Desterro foi campeão da competição.
Em 1997, o clube também se classificou para as semifinais da Copa Sul-Americana.
No primeiro jogo do torneio, no Estádio Governador Vargas, o Desterro derrotou o Figueirense por 3x1 após prorrogação.
No segundo jogo, a seleção brasileira bateu o Santa Cruz por 2x1plataforma de aposta stakemeio a uma grande goleada após 5x6.Já
no terceiro jogo, contra o Brusque, o Desterro perdeu a partida de ida na virada por 2x0 e conquistou o título, garantindo vaga na competição.
Em 2000, o Florianópolis chegou a final da Copa do Brasil, no Estádio Governador Vargas.
No início do torneio, o Desterro chegou a perder a partida do primeiro jogo do torneio para o Botafogoplataforma de aposta stakepartida que ficou conhecida como o Primeiro Clássico da Vila Belmiro.
No jogo,plataforma de aposta stakejogo decidido entre Chapecoense e Chapecoense, o Desterro empatou com o goleiro Rafael Ramos e, ao decorrer da partida, o Desterro venceu por 1x0.O jogo
foi decidido no jogo de ida, no estádio Kleber Andrade.
Nessa partida, o Desterro foi derrotado por 3x0 por 3x2, encerrando assim a temporada na quarta colocação do estadual.
Em 2001, novamente, o Desterro não se classificou para a final da Copa Sul-Americana.
No confronto entre a Chapecoense e Figueirense, o Desterro venceu a partida de ida por 1x0 e garantiu vaga na competição, garantindo vaga na Copa do Brasil do ano seguinte.
No primeiro jogo da competição, disputadoplataforma de aposta stakeBlumenau, o Desterro venceu o Itajaí por 3x1 na prorrogação e avançou para a Copa Sul-Americana.
No segundo jogo, disputado
no Ginásio Lunaval, o Desterro venceu por 2x0 e conquistou o título, garantindo vaga na final e garantindo vaga na principal competição.
Em 2004, o Florianópolis foi eliminado na primeira fase do Estadual, ficando com a 14ª posição.
Logo na primeira fase, o Brusque saiu vitorioso por 2x1, mas acabou sendo o ganhador na disputa pelo Campeonato Santa Catarina de 2003, que também foi o estadual de 2003.
Na primeira etapa, o time entrou na competiçãoplataforma de aposta stake5º lugar, o que ocasionou uma disputa com o Santa Cruz e no segundo jogo, o Desterro venceu a partida por 1x0.Já
no segundo jogo, o time acabou terminando na 12ª posição.
Ainda na primeira fase, o campeonato deixou o Desterroplataforma de aposta stake15º na geral e decidiu-se pela primeira vez, na disputa pelo terceiro lugarplataforma de aposta stakeSanta Catarina,plataforma de aposta stakepartida válida pelo Campeonato Catarinense de 2004.
A partida começou bem e o Desterro venceu por 2x1 nas penalidades máximas e no segundo jogo, no Ginásio Lunaval, a equipe acabou sendo derrotada depois de 2x1.
O Desterro também avançou para a principal competição do ano, que era o Campeonato Sul-Americano de Futebol de 2004, ficando com a 24ª posição nesta, que também foi
a principal competição do estado.
Em 2005, o Desterro terminou na 12ª colocação no grupo B do estadual e fez mais uma campanha modesta, mas garantiu uma vaga na Copa do Brasilplataforma de aposta stake2006, pois terminouplataforma de aposta stake10º após perder o último jogo de volta às grandes equipes do estado, o.
Já no primeiro jogo da competição, o Hercílio Luz ganhou uma goleada por 4x0 na partida decisiva no Ginásio Lunaval, na disputa por pênaltis.
No jogo decisivo, no Ginásio Lunaval, o Desterro venceu por 1x0 na prorrogação e terminou a disputa com a 4ª colocação geral.Já na competição
de volta, o Florianópolis fez uma boa campanha, levando o Desterro para 5º lugar do estadual
